中国水利高等教育分会的前身是1985年建立的水利电力部高等教育研究会。1988年4月全国人大决定撤销水利电力部，成立水利部和能源部。两部根据各自情况和需要，决定分别建立高教研究组织，继续开展工作。1990年12月，中国水利高教学会成立，同时学会获准加入中国高等教育学会，成为她的第15个部委会会员。1993年5月，“全国水利职工教育学会”、“中国水利高等教育学会”、“全国水利职业技术教育学会”申请统一成立“中国水利教育协会”。经水利部和国家教委审核同意并报民政部核准，于1994年2月正式登记注册，至此，“中国水利高等教育学会”更名为“中国水利教育协会高等教育分会”，成为中国水利教育协会的分支机构。分会秘书处设在河海大学。

分会成立以来，始终坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”以及科学发展为指导思想，贯彻落实党和国家有关教育工作的方针政策，紧紧围绕科教兴水战略、水利人才开发战略的实施需要，着眼于水利高等教育自身发展规律的要求，着眼于水利现代化建设对人才培养的要求，着眼于水利高等教育改革发展中出现的新情况、新问题，理清工作思路，与时俱进，开拓进取。主动为各会员单位和上级主管部门服务，做好沟通、联系、协调等服务工作，积极促进水利高等教育资源的优化配置，努力推动水利高等教育事业健康发展。